飛行機の場合
国際線のフライトは、サン･サルバドルの南44kmの地点にある、コマラパ国際空港Comalapa International Airportに着陸します。コマラパ空港は中米の空の交通の中心であり、エルサルバドと中米及び米国の主要都市とを結んでいます。国営航空会社は、タカ国際航空Taca International Airlinesです。
水路の場合
主要港は、太平洋岸のアカフトラAcajutla、ラ・ウニオン La Union、ラ・リベルタード La Libertadです。
陸路の場合
バスはグアテマラの首都グアテマラ・シティGuatemala Cityやホンジュラスの首都テグシガルパTegucigalpaからサン・サルバドルまでの路線が走っています。国境に執務時間以外に到着する際は、関税を支払う必要があります。
国内の移動
飛行機の場合
サン・サルバドルからサン・ミゲルSan Miguel、ラ・ウニオン、ウスルタンUsulutanといった都市まで国内線が運航しています。
陸路の場合
サン・サルバドルとアカフトラ、クッコCutuco、サン・ヘロニモSan Jeronimo、アンティグアAntiguaとは鉄道で結ばれています。バスも、主要な市や町の間を運行しています。バスは非常に便利ですが、ラッシュ時は激しく混雑します。レンタカーを借りることも可能ですが、国際運転免許が必要です。タクシーも数多く走っていますが多くはメーター付きでないため、乗車する前に料金の交渉をしましょう。信頼性の高いタクシーは、主要なホテルの前で拾うことができます。